De Molukken waren in het verleden een gewilde bestemming door de kruidnagel- en nootmuskaatbomen die lange tijd alleen hier groeiden. Verschillende Europese machten streefden naar een monopolie van de specerijenhandel en de Nederlanders zouden dat doel bereiken. Het christendom zou in deze regio veel aanhang vinden.

Prekoloniaal

In de vroege zevende eeuw werd het gebied van de Molukken al bezocht door Chinese zeelieden in verband met de specerijen zoals kruidnagel die alleen hier groeiden. In de negende eeuw waren Arabische handelaren erin geslaagd om de Molukken te vinden en introduceerden zo de islam in het gebied tussen 1300 en 1400. Daarvoor behoorden de Molukken tot in de twaalfde eeuw tot het koninkrijk Sriwijaya. Het Majapahitrijk zou echter Sriwijaya echter voorbijstreven en in het begin van de veertiende eeuw een belangrijk deel van Zuidoost-Azie in handen krijgen. Op die manier konden Javaanse handelaren de specerijenhandel op de Molukken monopoliseren.    

Koloniaal

In 1512 waren het de Portugezen die als eerste in de Molukken arriveerden. Zij arriveerden toen in Ternate wat destijds het belangrijkste eiland in de regio was. Door een verdrag met de sultan van Ternate te sluiten tegen het rivaliserende eiland Tidore hoopten zij de specerijenhandel te kunnen monopoliseren. Het verdrag hield echter niet stand en de Portugezen worden in 1575 uit Ternate verdreven. De Portugezen vestigen zich vervolgens op Tidore maar ook daar slagen ze er niet een een specerijenmonopolie te creeeren. Vervolgens proberen ze hetzelfde te bereiken in Ambon, Seram en Banda maar zonder resultaat. De Spanjaarden, Engelsen en Nederlanders zouden spoedig volgen met hetzelfde doel voor ogen. Het zouden uiteindelijk de Nederlanders worden die dankzij een grotere vloot, grotere wapens en meer geweld de specerijenhandel wisten te monopoliseren. Na veel bloedige veldslagen werd de lokale bevolking gedwongen samen te werken met de Nederlanders. De eerste opstand tegen de Nederlanders werd in 1817 geleid door Thomas Matulessy, beter bekend als Pattimura. Hij leidde het verzet toen de Nederlanders toen deze terugkeerden na het Britse interregnum. Het eiland Ambon zou het centrum worden van de Nederlandse specerijenemperium. Nadat men erin slaagd om elders buiten de Molukken specerijen te verbouwen verliest de regio zijn belang als centrum voor de specerijenhandel. Meer dan de helft van de bevolking van Ambon zou zich bekeren tot het christendom en een groot deel gaan uitmaken van het Nederlandse koloniale leger (KNIL). Tijdens de Tweede Wereeldoorlog worden de Molukken bezet door Japan. Vanuit Japanse bases op de Molukken werden Australische steden gebombardeerd. Als antwoord hierop werden in de laatste fase van de oorlog de eilanden Ambon en Halmahera gebombardeerd.          

Postkoloniaal

Als Indonesie de onafhankelijkheid bereikt verzetten een groep Ambonezen zich als de Nederlanders eruit worden gegooid. Meer dan 2.000 van deze Ambonezen was lid geweest van het KNIL, het Koninklijk Nederlands-Indisch Leger. In 1950 werd op Ambon de Republik Maluku Selatan (RMS) uitgeroepen, de Republiek der Zuid-Molukken. De centrale regering bezette hierop het eiland Buru en delen van Seram, later lukte het Ambon terug te winnen waarop de controle in de regio weer in handen van Jakarta lag. De meerderheid van de Ambonese strijdkrachten, zo'n 12.000 man, was toen op Java gestationeerd en werd toen naar Nederland gestuurd. In 1963 werd de leider en mede-oprichter van de RMS mr.dr.Chr. Soumokil gevangen genomen en later in 1966 geexecuteerd. De gevangenneming van Soumokil had de RMS-beweging in de Molukken grotendeels lam gelegd. MedeRMS-oprichter Ir. J. Manusama richtte daarop in Nederland de RMS-regering in ballingschap op. De dood van Soumokil was voor veel Molukse jongeren in Nederland de aanzet om tot radicale acties over te gaan. De harde gijzelingsacties die volgden in de jaren zeventig waren bedoeld om een serieus regeringsbeleid richting de RMS-kwestie te bewerkstelligen. Dit doel werd niet behaald zodat de situatie op de Molukken politiek onveranderd bleef. Na het aftreden van Suharto in mei 1998 was de harde hand van de autoriteiten verdwenen. De Molukken zouden vervolgens het strijdperk worden van gewelddadigheden tussen christenen en moslims waarbij duizenden doden zouden vallen en nog velen meer het gebied ontvluchten. Het conflict zou zich verspreiden vanuit Ambon naar de Noord-Molukken. Zowel aan de christelijke als de moslimzijde vallen vele slachtoffers, het Indonesische leger draagt daaraan bij door met scherp op menigtes te schieten. In februari 2002 wordt er een wapenstilstand getekend op Sulawesi tussen de christenen en de moslims. Nieuwe gewelddadigheden in 2004 bewijzen echter dat de rust nog niet geheel is teruggekeerd in de regio.